A Pécsi Egyházmegyei Könyvtár 1968. október 1-jén Dr. Cserháti József megyéspüspök (1969–1989) kezdeményezésére alapult meg azon irányelv szerint, hogy összegyűjtse „az egyházmegye területéről a volt egyházi tulajdonu könyvtárak maradékait, valamint a megszünt plébániákon talált, ill. elhunyt lelkészek hagyatékából származó könyveket.” A bibliotéka helyszínéül a Pécs-Szigeti Külvárosi Plébánia Szent Ferenc Templom (akkor Sallai, ma Ferencesek utcája 37.) gyóntatófolyosója feletti, korábban a ferences rend által használt könyvtárhelyiségeket és a padlásteret jelölték ki. Az intézmény vezetésével a püspök a Pécs-Szigeti Külvárosi Plébánia kanonok-plébánosát, Fényi Sándort bízta meg, könyvtárosának pedig Kersák Pál segédlelkészt, későbbi püspöki tanácsost kérte fel.
Az egyházmegyei bibliotéka számos történeti gyökerekkel rendelkező könyvállomány gyűjtőhelye: a Pécsi Püspöki Szeminárium könyvtárai mellett az 1923 utáni püspökök, kanonokok és papok hagyatékait olvasztotta magába. A templomba való beköltözéskor az állományhoz csatolták még az 1950-ben feloszlatott pécsi szerzetesrendek válogatás után visszamaradt köteteit, végül az 1980-as éveket követően a megszűnt plébániák könyvgyűjteményeit is. A gyűjtemény nagyrész hagyatékok, ajándékozások, és csak kisebb részben vásárlások révén gyarapodott az 1990-es évek végéig.
A folyamatos beázások, továbbá az emelet fűtetlensége miatt az állomány használhatósága a 2000-es évek elejére nehézkessé vált. Az ezredfordulót követően a könyvtárvezető, Boda Miklósné dr. Szepes Zsuzsanna (2001–2012) folyamatosan napirenden tartotta a gyűjtemény méltó és a használhatóságát biztosító épületbe költöztetésének ügyét: csak az alkalmas ingatlan és a felújítási költségek hiányoztak.
Végül az új könyvtári helyszín megvalósulása még több mint másfél évtizedet vett igénybe. Az előkészítő munkálatok után Dr. Udvardy György megyéspüspök (2011–2020) hathatós támogatásával, valamint a Magyar Kormány és az Emberi Erőforrások Minisztériuma által az egyházak közösségi célú programjainak és beruházásainak támogatására kiírt, „Pécs, Janus u. 8. sz. alatti műemlék épület felújítása” (EGYH-KCP-16-P-0105) címmel benyújtott pályázata keretében 2019. év elején kezdődtek meg a Pécsi Egyházmegyei Könyvtár kijelölt, új épületének és környékének felújítási munkálatai. A pécsi Janus Pannonius utca 8-as számú, hajdani kanonoki ház régóta folyamatosan romló állapotú, műemléki védettség alatt álló lakóház volt. Mellette a kerthelyiségben a város kulturális színfoltja, a Rózsakert nevet viselő legendás szórakozóhely működött.
A Pécsi Egyházmegye vallástudományi szakkönyvtárának tematikai összetétele: állományában dominál a teológia, a dogmatika, a morális teológia, a szentírástan, az egyháztörténelem, az aszketika-misztika, valamint a lelkiségi irodalom. Felülreprezentált a kateketika, a biblikum, a patrisztika, a lelkipásztorkodástan, az egyházi jog és az egyháztörténet, továbbá jelentős pécsi helyismereti és egyházmegye-történeti különgyűjteménnyel rendelkezik.
A Pécsi Egyházmegyei Könyvtár jelenlegi, közel 60 000 dokumentumot magába foglaló állománya a könyvek mellett, periodikákat, és egyéb különgyűjteményeket tartalmaz. Így kéz- és gépirattárat, fénykép- és térképgyűjteményt, kottatárat, továbbá az aprónyomtatvány-gyűjteményen belül imalap- és szentképgyűjteményt, valamint papi emléklap-kollekciót is magába foglal. A döntő többségében magyar, latin és német nyelvű munkák mellett főként horvát, francia és angol művek találhatók benne.
A 2021. október 7-i ünnepélyes átadót követően a régi, 1771-ben készült ferences apácarácsos könyvszekrények és az új könyvtári bútorzatot tartalmazó könyvtári enteriőrökben éledt újjá a Pécsi Egyházmegye jelentős muzeális szakkönyvtára.
Tudományos írások a könyvtárról
- Schmelczer-Pohánka Éva: Egy ismeretlen pécsi egyházi könyvgyűjtemény történetének margójára. A pécsi növendék papság könyvtárának kéziratos forrása a 19. század második harmadából = Magyar Könyvszemle, 2018/4. 457–463.
- Schmelczer-Pohánka Éva: Új életre kel a Pécsi Egyházmegyei Könyvtár = EKE Hírlevél, 2020/3–4. 37–40.